Waoundé se situe dans une zone aride marquée par la chaleur. La température y présente deux (02) maxima en mai et octobre où les températures peuvent dépasser les 35°C et deux (02) minima en août et en décembre. Le minimum thermique du mois d’août s’associe à la croissance des précipitations (entre 500 et 700 mm par an). Waoundé dispose en outre de trois (03) mois pendant lesquels les pluies sont supérieures à 100 mm tandis que l’harmattan règne durant 7 à 8 mois.

En ce qui concerne la végétation et la faune, Waoundé se situe dans le domaine sahelo-soudanien avec l’Acacia Nilotico (Gonakié) comme espèce végétale dominante.

Du fait de sa position géographique et des années de sécheresse cyclique, il n'existe pas de forêt  ou de domaines boisés.