Le Maire est l'organe exécutif de la Commune. C'est le Conseil Municipal qui a été élu par suffrage universel pour une durée de cinq ans qui le choisit en son sein pour la même durée.

Depuis que Waoundé a été érigé en Commune par decret présidentiel, il n'y a eu que deux élections municipales (1997 et 2002). Monsieur Sadio Cissé occupe la fonction de maire à la suite de ces deux dernières élections. L'actuel maire de Waoundé est donc monsieur Sadio Cissé.